课题

背景介绍

功能化有机高分子的可控合成是现代材料科学和化学生物学的一个重要课题。在几十年的发展后,纳米到微米尺度的高分子材料已经在靶向运输、特异性识别、刺激响应、可控释放、生物催化、多位点增强效应(multivalent effect)等方面显示出了巨大的潜力。另一方面,各种高分子活性聚合方法(living polymerization)的提出与发现也大大方便了功能化有机高分子的可控合成,使得具有特定活性官能团或基团的高分子更容易在化学层面上实现。通过结合已知的化学合成方法和已知的分子生物学机理,合理设计(rational design)新型的功能化高分子来实现可预期的高效催化、杀菌、输送、识别等效果,或者使用此类高分子材料作为工具来研究更深层次的生命科学机理,已经成为材料科学和化学生物学的热门与前沿领域。由此,本课题组希望借助高分子聚合方法学、有机合成、纳米材料合成和化学生物学方面的已有的知识,针对以下几个特定的研究课题制定方法以实现预期目标,并同时推进纳米高分子材料在化学生物学和医学上的应用的研究,并在研究的同时培养出新一批在该领域具备扎实理论功底和创新研究能力的科技人才。


 

仿酶大分子催化剂的合成与应用研究

在地球上的各种生命形态中,各种各样的酶都扮演着不可或缺的作用。它们各司其职,高效催化各种各样的生物化学反应,保证了生命体的新陈代谢可以持续不断地进行。酶的本质是蛋白质,由多肽链折叠后形成高级结构并结合一个或多个金属离子活性中心而形成。酶的内部有疏水空腔结构,可选择性的结合底物于金属活性中心附近,发生催化过程从而产生化学反应生成相应产物,具有高度选择性和活性。本质上,这是一个高分子配体包裹的金属活性中心,由于不同高分子结构提供的底物选择性和对金属催化中心的保护作用,使得这一组合可以在复杂的生物环境中实现各种强大的催化功能。

从1828年维勒成功使用无机原料第一次人工合成有机物尿素到现在,时间已经过去了190年。尽管这个经典的实验终结了风行一时的、认为有机物存在生命力因而不能通过人工方法从无机物合成的“生命力学说”,人类随后也了解到了这份“生命力”的背后是种种神奇的酶催化反应,但合成有机物的方法在百余年的发展后却仍然远远无法与酶催化合成的效率相比。有机化学中常见的各种金属有机催化剂虽然种类繁多,但可以在生物环境下(水相、中性环境、有常见生物小分子存在等)催化反应的催化剂却非常少见,能达到酶一般的选择性和活性的更是屈指可数。在另外一方面,酶催化的反应虽然多种多样,但仍然是有限的。许多在工业界、制药行业等非常重要的反应在生物化学过程中并不存在,因而也没有对应的酶可以利用。如果能将酶和现有的金属有机催化剂结合起来,便有可能达到三个效果:其一,可能得到具有高活性、水相工作的金属催化剂,实现工业过程的高效化和绿色化;其二,人工催化剂可能可以取代或协助一些天然酶的作用,达到修复某些生物化学过程的目的;其三,作为“微型合成机器”可以在活生物体内催化一些非天然的反应,这将使它们成为药学和化学生物学中非常重要的一类工具,进行原位蛋白质激活或修饰、原位药物合成等。这三个目标效果虽然截然不同,但其实现的方法却可能是类似的,所面对的困难也是类似的。对金属催化剂自身的基础催化性能、生物兼容性和稳定性的要求在客观上为这类仿酶大分子催化剂的合成与应用增添了很大的困难。一些研究者已经开始尝试利用蛋白质骨架加入人工金属催化中心来实现“进化式”催化筛选,试图借鉴大自然的做法,利用酶的机理来指导新型催化剂的设计与合成。

胞内原位催化反应有潜力成为化学生物学领域中最重要的工具之一。高效的胞内原位催化可以在细胞的指定位置激活一个非天然化学反应,按需合成出一个功能性分子。举例来说,如果大分子催化剂可以对细胞有选择性,那么一个抗癌分子就可能只在癌细胞内被合成出来并生效。此外,对于一些难以进入细胞的小分子或者大分子也可以使用胞内合成的方式将它们引入细胞,从而避开细胞摄取的问题。因此,尽管困难重重,国际学术界仍对细胞内原位催化这一课题兴趣浓厚。从2006年Streu和Meggers以小分子钌催化剂为例提出胞内催化反应这个概念以来,该领域即在重重困难中缓慢的发展,至今仍然大部分限制在钯、钌和铜催化的反应上,并往往需要较高的浓度方可达到胞内催化的目的。胞内催化技术作为化学生物学的重要工具,一些关键的技术难题仍然存在,如催化剂在生物环境下对常见小分子(如氨基酸等)的稳定性、大分子骨架对小分子底物的选择性和反应性影响的控制、催化剂的生物相容性等,大量问题亟待解决。

本项目希望结合胞内催化领域和高分子领域工作的一些基础,制备结构和性质与酶有一定相似性的、由多条以树状聚合体作为侧链的刷型大分子有序组装而成并负载金属催化中心的“刷臂星型高分子”高效催化剂,并系统研究该催化系统在胞内原位催化的表现与应用。该催化剂具有因外部亲水结构带来的高水溶性和高生物兼容性,也具有位于内部的疏水空腔,有望在保证催化中心更为稳定的前提下,在一定程度上仿照酶的催化机理来高效催化疏水小分子之间的反应。目标高分子催化剂的结构特点使得该体系有望解决以往胞内催化的催化剂细胞毒性、进入细胞能力和催化活性不可兼得的问题,并通过“保持骨架、更换催化中心”的方法使得用同一种载体构建多效、多功能催化体系成为可能。


 

新型多机理抗菌高分子的设计、合成与应用

尽管20世纪中抗生素的发明使人类的平均寿命整整提高了一倍以上,细菌感染仍是世界范围内的重要问题。例如,结核病是世界范围内高发的、致死率较高的重大传染病,发病率和致死率在发展中国家中尤为突出,在全球致死因素中仍然高居前十。在医疗水平较高的发达国家和地区,术后大范围感染或多重抗药性细菌造成的感染仍然很容易造成死亡。此外,抗生素的大范围使用也使得细菌抗药性的问题越来越严重,这对一些抗生素在临床上的应用产生了一定的限制,也令新型抗生素的研究工作迫在眉睫。

作为近年的热门研究方向之一的抗菌高分子具有不易产生耐药性的优点,但因治疗指数低,目前还没有被美国FDA批准的例子。与大部分小分子抗生素针对特定靶点的抗菌机理不同,抗菌高分子的主要作用机理为依赖自身的疏水链和正电荷结构,插入细菌的磷脂双分子膜之中,对膜的物理结构及动态平衡产生破坏从而杀死细菌。由于该杀菌机理是一个纯物理过程,而膜的产生又涉及到非常多的生物化学过程,因而抗菌高分子很难产生抗药性。然而,由于哺乳动物细胞也有磷脂双分子层的细胞膜,尽管其结构与细菌的细胞膜略有差别,但仍然或多或少会被抗菌高分子所影响破坏,产生细胞毒性。因此,抗菌高分子的治疗指数一般相对偏低。通过筛选优化抗菌高分子的结构可以提升其对细菌细胞膜的选择性进而提高治疗指数,但仍然有很大的局限性。抗菌高分子的另外一个特点是其对细菌细胞膜可穿透性的改变。由于抗菌高分子会对细胞膜造成物理性破坏,膜上会产生孔洞或裂隙,使膜的通透性大大增加。在膜被破坏之后,抗菌高分子往往可以进入细菌内部,也可以使其他的抗生素更容易通过细菌的细胞膜进入其内部,增强药效,即协同效应(Synergistic effect)。同理,抗菌高分子也可以通过同样的机理进入哺乳动物细胞内部,有望杀死细胞内部的细菌,这对于一些疾病(如肺结核)的治疗有非常重要的作用。

本项目力图在传统抗菌高分子的杀菌机理上引入全新的杀菌机理,使高分子成为新型的复合机理抗菌化合物,通过多个机理的协同作用,达到提高活性、降低毒性,并保持传统抗菌高分子低耐药性特点的效果,从而获取新一代多机理抗菌高分子。该抗菌高分子还可进入被感染的哺乳动物细胞,杀死其内部的细菌(Intracellular bacteria),因而具有更彻底的杀菌效果,有望降低治疗时间,提高治疗效率。项目也将进一步探究高分子结构与其抗菌效果之间的联系,为新型大分子抗菌药物的发展提供重要理论依据。


 

可识别(CAG)n RNA的小分子的设计、合成与多齿强化(multivalent enhancement)

冗余CAG RNA重复单元 r(CAG)n 是亨丁顿舞蹈症(Huntington’s Disease)和多种脊髓小脑萎缩症亚型(Spinocerebellar ataxia)病人细胞中产生的致病RNA,由位于染色体上的CAG冗余重复单元转录而来。两种基因病目前均无治疗方法。本课题的主要目标在于寻找并合成可以高效识别并有效结合r(CAG)n结构单元的分子,使其失活或降解,从而达到缓解或抑制病情的效果。

我们拟依照以下三个步骤实现待定目标:(1)通过已知的一些可与RNA/DNA结合的化学结构的特征(如双脒结构,双胍结构),和一些已知的A-A错误配对(mismatch)识别基团,辅助以计算机筛选(in silico screening),选出高潜力的可能结构并予以合成,通过电泳迁移分析法(Electrophoretic mobility shift assay, EMSA)或等温量热滴定法(Isothermal titration calorimetry,ITC)来得知其对目标RNA的亲和力和选择性。(2)将第一部分筛选出的优秀小分子,或者已报道的可以与 r(CAG)n 选择性结合的小分子功能化,从而可将小分子自身聚合起来,或者将小分子以共价键连接在一个大分子上,从而实现配体多齿化,与 r(CAG)n 的多齿特征结合从而提供更高的选择性和亲和力。该多齿大分子必须可以进入细胞,可以通过在大分子上引入正电荷或者接入穿膜多肽(Cell-penetrating peptide, CPP)或其类似物(CPP mimics)来实现。(3)通过选择合适的大分子,或者进一步将大分子功能化,从而让大分子具有降解其结合的RNA或使RNA失活的功能。这一目标可以通过在大分子上引入氨基、咪唑或者核酸烃基化试剂(nucleotide alkylating agent)来实现。在三步之中,每一步的产物都可以通过EMSA/ITC等方式表征其对RNA的结合力与选择性,并通过细胞(可用引入d(CAG)n的HeLa细胞)实验来检测其细胞活性,如对特定mRNA错误剪切方式的抑制作用,对r(CAG)n-蛋白质聚集体产生的抑制作用等。用作疾病模型的果蝇和小鼠也可用于进一步测试表现优异的产物大分子配体。